自动过柱机在使用一段时间后，经常受到污染，塔效率会有一定程度的下降，采用适当的保护方法可以延长塔的使用寿命。

  1、样品和流动相的处理

  溶解的样品在注入前用滤膜过滤以除去不溶物。如有必要，样品应进行预处理。如果流动相中有不纯物质，会影响效率，所以尽量使用溶剂的色谱水平，至少是分析纯度水平，使用流动相前用微孔膜过滤。

  定期用甲醇超声清洗过滤器。如果效果不好，可用10%稀硝酸清洗。对于堵塞严重的过滤器，在清洗前可在火焰上燃烧。

  2、保护柱(柱前)的使用

  对于价格较高的自动过柱机，可在柱前加保护柱，防止杂质污染分析柱。对于制备柱，由于其进样量大，保护柱的使用尤为重要。

  常规处理：

  硅胶、氧化铝和极性键合自动过柱机每次使用后，用二氯甲烷或正己烷以低流速清洗较长时间;键合硅胶柱、离子交换自动过柱机和凝胶柱先用蒸馏水冲洗，再用甲醇冲洗，再用一定比例的甲醇和蒸馏水冲洗过夜。

  对于使用一段时间的自动过柱机，可按下列方法再生柱效。

  3、离子交换树脂柱

  高浓度氯化钠溶液可使大部分树脂再生。少量与树脂紧密结合的物质，如油，可用低浓度碱溶液洗涤。吸附在固定相上的酸性有机物可用低pH缓冲液洗涤。

  4、凝胶自动过柱机

  由于凝胶柱是以分离物质的分子量为基础的，因此通常用稀氢氧化钠或非离子洗涤剂清洗，将其从物质中分离出来。用24%或30%乙腈洗涤可除去大部分结合物。疏水性蛋白质去除率为30%-50%或醋酸可以去除亲水性蛋白质。凝胶中剩余的胃蛋白酶可被蛋白酶分解，然后用蒸馏水、甲醇和蒸馏水洗涤。

  5、已污染自动过柱机的处理：

  由于保留物污染强，流动相中的不溶物或样品沉积在柱头上，可采用以下方法洗涤：为除去脂质，可用四氢呋喃、乙腈或甲醇洗涤;一些疏水性很强的化合物可以用乙腈或甲醇洗脱，100-200ml四氢呋喃可以反复注射。

  6、柱头处理：

  当柱头堵塞、污染严重，用溶剂清洗柱头时，办法是打开塔拆下塔顶填料重新组装：先拆下不锈钢烧结过滤器，检查塔床，拆下常见的凹陷或污染的有色填料，去除不规则床层和有色填料，使柱床呈白色并完全平整，然后用甲醇作为糊状填料的匀浆，将糊状填料的匀浆液滴在柱上，通过重力将甲醇液从匀浆液中排出，反复进行，直至填料平整为止。